Converter um MP3 para FLAC altera o formato do ficheiro, mas não recria a informação de áudio eliminada pela compressão MP3.
Porque o FLAC não melhora automaticamente o som
O MP3 é um formato com perdas. Depois de certos dados serem removidos na codificação, guardar o resultado num formato sem perdas não os pode reconstruir. O novo FLAC preserva sem perdas adicionais aquilo que já existia no MP3.
Quando a conversão pode ser útil
Pode fazer sentido se uma etapa seguinte aceitar apenas FLAC ou se quiser evitar nova compressão com perdas durante várias transformações. Nesse caso, o FLAC funciona como formato de trabalho, não como ferramenta de restauro.
Tamanho do ficheiro
O FLAC resultante será normalmente maior do que o MP3 original sem oferecer qualidade superior à fonte. Não vale a pena convertê-lo apenas para «aumentar a qualidade».